Di beberapa negara berkembang, termasuk Indonesia, sungai, danau, kolam, laut sering digunakan untuk beberapa keperluan sehari-hari, misalnya mandi, mencuci pakaian, mencuci alat makan dan makanan, bahkan untuk tempat pembuangan tinja, sehingga air tersebut menjadi tercemar berat oleh virus, bakteri patogen dan mikroorganisme parasit lainnya.Pencemaran air oleh virus, bakteri patogen, dan parasit lainnya atau oleh zat kimia dapat terjadi pada sumber air bakunya, ataupun terjadi pada saat pengairan olahan dari pabrik ke konsumen.

Sedangkan bahaya tak langsung dapat terjadi misalnya akibat dari mengonsumsi ikan, yang dimana ikan tersebut sudah tercemar atau mengandung zat-zat polutan berbahaya.Air dapat merupakan medium pembawa mikroorganisme patogenik yang berbahaya bagi kesehatan. Bahaya atau resiko kesehatan uang berhubungan dengan pencemaran air secara umum dapat diklasifikasikan menjadi dua yakni bahaya langsung dan bahaya tidak langsung. Bahaya langsung terhadap kesehatan manusia dapat terjadi akibat mengonsumsi air yang tercemar atau air yang berkualitas buruk, baik langsung diminum, melalui makanan dan dapat juga akibat dari pemakaian air yang tercemar untuk keperluan sehari-hari seperti mencuci peralatan makan dan lain sebagainya. Bahaya bagi kesehatan masyarakat dapat pula diakibakan oleh berbagai dampak kegiatan industri dan pertanian

Patogen yang sering ditemukan di dalam air terutama adalah bakteri-bakteri penyebab infeksi saluran pencernaan seperti Vibrio cholerae penyebab penyakit kolera,Shigella dysenteriae penyebab disenteri basiler, Salmonella typosa penyebab tifus dan S. paratyphi penyebab paratifus, virus polio dan hepatitis, dan Entamoeba histolytica penyebab disentri amuba. Untuk mencegah penyebaran penyakit melalui air perlu dilakukan control terhadap polusi air.

  Pencemaran air oleh air limbah ataupun kotoran (tinja) manusia yang mengandung mikroorganisme yang dapat menimbulkan penyakit, seperti virus, bakteri patogen dan sebagainya dapat menyebabkan wabah atau peledakan jumlah penderita penyakit di suatu wilayah dalam waktu yang relatif singkat. Beberapa penyakit yang berhubungan dengan air yang tercemar oleh mikroorganisme parasit telah dikenal sejak lama. Beberapa ciri khusus penyebaran penyakit-penyakit tersebut antara lain yakni proses penularan pada umumnya melalui mulut, terjadi di wilayah yang airnya tercemar, penderita pada umumnya terkonsentrasi pada suatu wilayah secara temporer, penderitanya tidak terbatas pada usia, ataupun jenis kelamin tertentu. Meskipun sulit untuk mendeteksi bakteri patogen di dalam air, tetapi dapat diperkirakan melalui pemeriksaan bakteri E.coli yang disebabkan oleh pencemaran tinja, dan waktu inkubasinya biasanya lebih panjang daripada keracunan makanan